Der Stiftungsrat ist das Kontroll- und Beratungsorgan der Stiftung. Er wacht über die Einhaltung des Stifterwillens und entscheidet in allen Angelegenheiten von grundsätzlicher Bedeutung. Er bestellt, kontrolliert und entlastet den Vorstand und beschließt den jährlichen Wirtschaftsplan.

Der Stiftungsrat der Marienheider Bürgerstiftung umfasst derzeit sieben Personen.