Der Vorstand der Marienheider Bürgerstiftung besteht derzeit aus fünf Mitgliedern und führt die Geschäfte der Stiftung. Er legt im Rahmen des Stiftungszwecks die konkreten Ziele, Prioritäten sowie das Konzept der Projektarbeit fest. Darüber hinaus trägt er für die Ausführung der Beschlüsse des Stiftungsrates und für eine ordnungsgemäße Bewirtschaftung des Stiftungsvermögens Sorge. Er berichtet dem Stiftungsrat regelmäßig über den Geschäftsgang und die Aktivitäten der Stiftung und legt einen Tätigkeitsbericht vor. Arbeitsgruppen, Beiräte und Ausschüsse können den Vorstand in seiner Arbeit unterstützen.

Kraft Satzung ist der jeweilige Bürgermeister der Gemeinde Marienheide als stellvertretender Vorsitzender des Vorstands der Stiftung eng in deren Arbeit eingebunden.